بیمارستان نرگسی در شش طبقه ساخته شده که طبقه زیرین آن: انبارکالا ، تاسیسات، موتورخانه، آشپزخانه و رختشوی خانه قرار دارد.
طبقه همکف آن : اورژانس، پذیرش، ترخیص، درآمد، IT ، His، بایگانی اسنادپزشکی، خدمات،داروخانه سرپایی، رادیولوژی(تصویربرداری، سی تی اسکن)، واحد ساختمان،تجهیزات پزشکی، امین اموال ، آزمایشگاه و کلینیک چشم پزشکی قرار دارد.
طبقه اول :اتاق عمل و Icu قرار دارد.
طبقه دوم : بخش جراحی عمومی 1 با 20 تخت و بخش جراحی عمومی 2 با 21 تخت قرار دارد.
طبقه سوم : بخش داخلی با 21 تخت، واحد ریاست، مدیریت، روابط عمومی، مالی، حراست، مترون و منابع انسانی قرار دارد.
طبقه چهارم : بخش شیمی درمانی با 16 تخت و بخش عمومی با 20 تخت قرار دارد.
بام ساختمان : هواساز و موتورخانه آسانسور قرار دارد.
در محوطه بیمارستان ساختمانهای جانبی از جمله : نگهبانی، منبع آب و پست برق قرار دارد.